El objetivo del control de calidad es garantizar que la harina y el aceite de pescado no estén adulterados, tengan un alto valor nutricional fiel a su naturaleza y proporcionen un producto consistente. La calidad del producto abarca los aspectos físicos como la frescura y aspecto, y las características organolépticas además de la calidad nutricional.

Algunos de los puntos de control de calidad que se tienen en cuenta durante la producción de harina y aceite de pescado incluyen:

• Frescura de la materia prima: Esto es importante por su efecto sobre la calidad de la proteína en el producto final; Es importante minimizar el tiempo entre la captura del pescado y su procesamiento, además de su conservación mediante refrigeración para minimizar su deterioro. El deterioro produce aminas biogénicas como la histamina y la cadaverina.

• Exposición a la temperatura de procesamiento: el control del proceso en la fábrica es necesario para la fabricación de harina de pescado de alta calidad. La cocción suave (90 °C o menos) y el secado (90 °C o menos) mantienen el valor nutricional de la harina de pescado, especialmente la digestibilidad, y el proceso ayuda a estabilizar el producto para un uso a largo plazo.

• Estabilidad de las grasas: Hay una alta proporción de ácidos grasos poliinsaturados en la grasa de la harina de pescado, como los de los ácidos grasos de cadena larga omega-3, en particular EPA y DHA. Estos ácidos grasos son susceptibles a la oxidación (rancidez). Por tanto, es deseable el uso de un antioxidante como los tocoferoles, especialmente en climas cálidos.

• Higiene: Toda manipulación de pescado en bodegas de barcos, transportadores, fosas, etc. requiere buenos estándares de higiene para minimizar el deterioro y optimizar la calidad del producto. Es deseable mantener separadas las áreas húmedas y secas de la planta y minimizar el paso de personal y equipo de una sección a la otra. Se deben tomar precauciones especialmente contra la contaminación por Salmonella, pero pueden aparecer otros contaminantes como Vibrium Cholerae y Shigella. Por lo tanto, se debe evitar cualquier forma posible de minimizar la contaminación, como excrementos de pájaros, durante el almacenamiento o la presencia de otras plagas en las instalaciones y se requiere un plan adecuado de limpieza de la fábrica.

La seguridad de los alimentos balanceados es esencial tanto para el bienestar de los animales como para la salud humana donde los animales de cría son la fuente de muchos productos para consumo humano. Por lo tanto, la seguridad del alimento balanceado y de la cadena alimentaria debe ser el objetivo principal de la industria. La Alianza Internacional de Seguridad Alimenticia IFSA es un proyecto conjunto iniciado por las principales organizaciones de seguro de la industria europea de alimentos balanceados como la Confederación de Industrias Agrícolas (AIC) del Reino Unido con FEMAS, Overlegplatform Voedermiddelenkolom VZW (OVOCOM) de Bélgica con GMP Animal Feed, Productschap Diervoeder (PDV) de los Países Bajos con GMP+, QS Qualität und Sicherheit GmbH (QS) de Alemania con QS-manual y Fédération Européenne des Fabricants d’Aliments Composés/la Federación Europea de la Industria de Alimentos Balanceados (FEFAC). Este programa está basado sobre ISO 19011:2002 y HACCP (Análisis de Peligros y Puntos de Control Críticos) y las normas incluyen requisitos para solicitantes y los auditores. HACCP implica a inspectores exteriores que aseguran que puntos de control críticos se identifiquen correctamente y que los controles sean supervisados y registrados cuidadosamente. Cualquier desviación fuera del límite de tolerancia es investigado y resuelto rápidamente con documentación completa para la referencia futura. Los esquemas de garantía de calidad están diseñados para garantizar que los productos sean rastreables, seguros y no adulterados.

• Trazabilidad: La harina y el aceite de pescado deben ser trazables desde el usuario (mezclador de alimentos balanceados) al productor incluyendo el transporte y almacenaje.
• Seguridad: La harina y el aceite de pescado deben ser seguros, cumpliendo con todos los requisitos legislativos para contaminantes, pureza, libres de organismos patógenos y micotoxinas, libres de toxinas naturales etc.
• Pureza: Harina y aceite de pescado debe ser producido en fábricas dedicadas únicamente a la manipulación de pescados u otros animales acuáticos como los crustáceos o moluscos y ningún otro animal como mamíferos o aves. Actualmente se encuentran disponibles pruebas modernas basadas en ADN para garantizar que no se produzca contaminación en toda la cadena de manipulación.